SNP分型的手段很多,有:
全基因组测序
各种MicroArray SNP芯片
OpenArray法
Sequenome质谱法
SNaPshot法
Q-PCR
等等。
当样本量达到上千或更多,而要测的位点在几十个左右的时候,OpenArray是最便宜的。最低可以达到1元人民币测一个SNP位点。
而Sequenome法、和SNaPshot法的费用都在一个SNP点约2元人民币左右。
OpenArray的原理:
OpenArray纳升流体技术让研究人员能在一块TaqMan OpenArray基因分型平板上操作3000多个数据点。在一块显微镜载玻片大小的芯片上有着3072个通孔。
每个孔的直径是300 微米,深度也为300 微米。平板以48个子阵,每个子阵64通孔的形式排列(图3)。平板表面经过专利处理,是疏水的,而内部是亲水且生物兼容的。液体通过表面张力留于平板中。
每块TaqMan OpenArray基因分型芯片包含48个子阵,每个64通孔。
每个通孔中,事先置入预制好的PCR引物
实验时,把样本、酶、dNTP加入到芯片子阵上,再把芯片放在Q-PCR仪上做实时定量PCR,就可以高效地读出SNP型了
本方法简单易操作,一个人一天可以做3万个数据点的实验
编辑:范伟伟